通关一周目后，二周目将从主角家门口开始，大木博士会主动出现并询问图鉴收集情况。若已收服60种宝可梦，博士会帮助升级为全国图鉴模式。前往精灵联盟会发现冰系天王科拿暂时无法挑战，需从枯叶市乘船前往一岛。在一岛的网络中心与NPC对话，得知修复机器需要红宝石，随后需前往灯火山获取。
灯火山位于一岛右侧，冲浪抵达后进入山顶洞穴可遇见火焰鸟。下山后向右走会遭遇火箭队余党，击败他们后进入洞穴深处取得红宝石。将红宝石交给网络中心NPC后，会触发寻找蓝宝石的任务，并获得七岛船票。接下来需前往四岛，在科拿家右侧的冰洞中使用攀瀑技能到达深处，协助科拿击败火箭队成员，得知他们的下一个目标是五岛仓库。
五岛仓库需要密码才能进入，需先前往六岛。在六岛右侧使用居合斩打开洞穴门，按特定顺序掉落洞中可找到蓝宝石，但会被NPC抢走并留下仓库密码。返回五岛仓库输入密码，击败内部的火箭队成员后夺回蓝宝石。将蓝宝石带回一岛网络中心完成设备修复，可与宝石版游戏通信。七岛的训练师塔是提升实力的好去处，而山谷中的洞穴可捕捉超梦，需提前准备碎岩技能。
完成七岛探索后，可返回关都地区挑战四天王。二周目的四天王阵容强度显著提升，冰系天王科拿的主力包括白海狮、乘龙和迷唇姐，需注意属性克制。毒系天王的耿鬼和叉字蝠速度极快，建议携带超能力或地面系技能应对。龙系天王的快龙和化石翼龙威胁较大，优先解决高输出的暴鲤龙和海马龙是关键。
超梦等级为70级，建议提前保存并准备好高级球。二周目主线流程基本结束，但玩家仍可继续探索七岛和关都地区的隐藏要素。
